Date of Award

Summer 8-2026

Document Type

Dissertation

Degree Name

Doctor of Philosophy (PhD)

Department

Biological Sciences

Program/Concentration

Ecological Sciences

Committee Director

Kent E. Carpenter

Committee Member

Daniel J. Barshis

Committee Member

Malin L. Pinsky

Abstract

Coral reef ecosystems in the Philippines face severe threats from intense fishing and habitat degradation. This dissertation evaluated the extinction risk of fishes in the Philippine Marine Aquarium Trade (MAT) using Productivity Susceptibility Analysis (PSA) and temporal genomics. A global PSA framework was modified by including local susceptibility factors. Of the 103 species evaluated, six were categorized as highly vulnerable and 62 as moderately vulnerable, revealing increased local vulnerability and underscoring the importance of local assessments to guide conservation efforts.

Temporal genomics compared historical (1908–1909 U.S.S. Albatross Expedition) and contemporary populations of the MAT-targeted Sphaeramia nematoptera and Pseudanthias squamipinnis, the food fish Parupeneus barberinus, and the non-targeted Pomacentrus brachialis to assess how over a century of environmental change and exploitation shaped extinction risk in reef fishes. Each species had distinct genomic trajectories driven by life history, habitat association, and fishing pressure.

The study of S. nematoptera across three locations revealed increased temporal genetic differentiation and evidence of emerging population fragmentation. Historical populations had greater connectivity than contemporary populations. Neutral nucleotide diversity declined in Romblon, where the MAT was absent. Both the restricted gene flow caused by the Sibuyan Sea Gyre and habitat loss likely disrupted historical migration pathways for this coral-associated species. Results provide evidence of changing connectivity and emerging fragmentation and represent the first documented case of temporal fragmentation in a tropical coral reef fish associated with habitat loss.

In Verde Island, P. barberinus had increased genetic diversity despite intense fishing pressure. In contrast, P. squamipinnis had declining overall genetic diversity while exhibiting the strongest evidence of adaptive evolution and the largest temporal effective population. Meanwhile, P. brachialis had declining genetic diversity despite lacking fishing pressure, suggesting that habitat degradation may drive genetic erosion.

Overall, fishing pressure alone cannot dictate long-term genomic responses. Instead, the influence of habitat association, ecology, oceanographic connectivity, demographic processes, and fishing mode better explains species-specific resilience and vulnerability. Results highlight the value of integrating PSA with long-term genomic monitoring to identify vulnerable species and design effective conservation and management strategies for Philippine coral reef fishes.

Rights

In Copyright. URI: http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/ This Item is protected by copyright and/or related rights. You are free to use this Item in any way that is permitted by the copyright and related rights legislation that applies to your use. For other uses you need to obtain permission from the rights-holder(s).

Comments

Title (Filipino/Tagalog): Panganib na Maubos ang mga Isdang-batong Kabilang sa Kalakalang Pang-Akwaryum ng Pilipinas.

Abstract (Filipino/Tagalog): Nanganganib ang yamang-dagat ng Pilipinas dahil sa matinding pangingisda at pagkasira ng kapaligirang pandagat. Sinuri ng disertasyong ito ang panganib na maubos ang mga isdang-batong kabilang sa kalakalang pang-akwaryum ng Pilipinas sa pamamagitan ng Productivity Susceptibility Analysis (PSA) at temporal na henomika. Upang maging angkop sa Pilipinas, binago ang isang pandaigdigang balangkas ng PSA sa pamamagitan ng pagsasama ng mga local salik at impormasyon. Sa 103 isdang-batong sinuri, anim ang may mataas na panganib at 62 ang may katamtamang panganib. Kumpara sa pandaigdigang pagtatasa, mas mataas ang panganib na maubos ang ilang isdang-batong kabilang sa kalakalang pang-akwaryum ng Pilipinas. Binigyang-diin nito ang kahalagahan ng lokal na pagsusuri sa pagbuo ng mga aksyong angkop sa pamamahalang lokal.Ipinaghambing ang populasyon ng mga isdang-batong mula sa koleksyon ng makasaysayang U.S.S. Albatross Expedition (1908-1909) at sa kasalukuyang panahon. Nakabilang ang mga isdang pang-akwaryum na Sphaeramia nematoptera at Pseudanthias squamipinnis, Parupeneus barberinus na kinakain, at Pomacentrus brachialis na hindi hinuhuli, upang suriib ang epekto ng pagbabago ng kapaligiran at pangingisda sa populasyon ng mga isdang-batong ito matapos ang mahigit isang siglo. Iba-iba ang trahektoriyang henomika ng mga isdang sinuri at nakaaapekto ang kasaysayan ng buhay, kaugnayan sa tirahan, at tindi ng pangingisda rito.Sa pag-aaral ng S. nematoptera, tumaas ang henetikong diperensyasyon sa pagitan ng tatlong lugar matapos ang higit sa isang siglo at may naitalang ebidensiya ng nagbabadyang pagkakawatak-watak ng mga populasyong ito. Mas konektado ang mga populasyon ng S. nematoptera noon kumpara ngayon. Bumaba ang neutral nucleotide diversity sa Romblon kung saan walang aktibong nag-aakwaryum. Posibleng nalimitahan ang pagdaloy ng genes patungo sa Romblon dahil sa Sibuyan Sea Gyre at pagkawasak ng mga bahurang nagsilbing tulay para sa migrasyon. Ipinahihiwatig nito na nagbago ang koneksyon sa pagitan ng mga populasyon ng S. nematoptera. Ito ang unang naitalang kaso ng nagbabadyang pagkakawatak-watak ng populasyon ng isang pantropikong isdang-bato dulot ng pagkawasak ng kapaligirang pandagat.Sa Verde Island, tumaas ang henetikong pagkakaiba-iba ng P. barberinus sa kabila ng matinding pangingisda rito. Bumaba ang pangkalahatang henetikong pagkakaiba-iba ng P. squamipinnis bagamat malakas ang ebidensiya ng umaangkop na ebolusyon at pinakamataas ang temporal na epektibong laki nito kumpara sa ibang sinuring isda. Kahit hindi hinuhuli ang P. brachialis, bumaba pa rin ang pangkalahatang henetikong pagkakaiba-iba nito. Ang henetikong pagkasira sa isdang-batong ito ay maaaring dulot ng pagkasira ng mga bahura at kapaligirang pandagat. Sa pangkalahatan, hindi lamang pangingisda ang makapagdidikta ng kahihinatnan ng mga isdang-bato. Sa halip, ang kaugnayan sa tirahan, ekolohiya, agos ng karagatan, mga prosesong demograpiko at tindi ng pangingisda ang mga salik na dapat isaalang-alang sa pagpapatuloy ng populasyon. Itinatampok ng pag-aaral na ito ang integrasyon ng PSA sa pangmatagalang pagsubaybay sa henomika upang matukoy ang mga isdang-batong may mataas na panganib na malipol upang makadisenyo ng epektibong estratehiya para sa konserbasyon at pamamahala ng mga isdang-bato sa Pilipinas.

DOI

10.25777/cm84-5569

ISBN

9798193214502

ORCID

0000-0002-3615-025X

Download

Share

COinS